فلوت سحرآمیز (به آلمانی: Die Zauberflöte) اپرایی در دو پرده از ولفگانگ آمادئوس موتسارت، آهنگساز نامدار اتریشی، است که در سال ۱۷۹۱ خلق شدهاست. اپرانامهٔ این اثر به زبان آلمانی و نوشتهٔ امانوئل شیکاندر است. این اثر در قالبِ زینگاشپیل یا تلفیق صحبت کردن عادی و خواندن آواز است. فلوت سحرآمیز آخرین اپرای موتسارت است و اولین بار در ۳۰ سپتامبر ۱۷۹۱ در وین (فرایهاوستئاتر در ویدن) اجرا شد.
در این داستان، یک زوج جوان در تکاپو برای رسیدن به یکدیگر هستند و برای این هدف مجبورند از جانب زرتشت، که صاحب خرد و دانایی است، آزمونهایی را پشتسر بگذارند.
موتسارت در سپتامبر ۱۷۹۱ از پراگ به وین آمد تا اپرای «فلوت سحرآمیز» را برای اولین بار اجرا کند. در این هنگام هنوز دو قسمت از موسیقی اپرا، یعنی اورتور و مارش روحانیون آماده نبودند و شیکاندر بدین خاطر نگران بود. موتسارت دو روز قبل از اجرا، کل کار را تکمیل کرد. اجرای اول این اثر در تاریخ ۳۰ سپتامبر در وین روی صحنه رفت که با موفقیت خیرهکنندهای روبهرو شد و استقبال تماشاچیان از آن بسیار خوب بود. اولین اجرای این اثر توسط خود موتسارت رهبری شد. شیکاندر سود خوبی از اجراهای متعدد این اپرا برد و حتی توانست با پول آن ساختمان جدیدی برای تئاتر خود بسازد.